La forma correcta es «supranacional», según la RAE

La Real Academia Española (RAE) ha aclarado que el término correcto es supranacional, escrito todo junto y sin guion. Esta palabra se forma a partir del prefijo supra-, que significa ‘encima de’ o ‘por encima de’, y el adjetivo nacional.
El Diccionario de la lengua española y el Diccionario del estudiante establecen que cuando un prefijo se antepone a una sola palabra, debe escribirse unido a la base léxica, sin espacio ni guion. Las variantes «supra nacional» (separada) y «supra-nacional» (con guion) no son consideradas correctas en este uso.
Como ejemplo de uso, se puede mencionar que la Unión Europea es una organización supranacional.
La RAE también ha manifestado que esta norma se aplica a la mayoría de los prefijos en español: cuando funcionan como tales y no como palabras independientes, deben ir unidos al término que modifican. Lo mismo sucede con términos como internacional, multinacional, posnacional o transnacional.
En conclusión, la única forma recomendada y normativa es supranacional, escrita en una sola palabra, sin guion y en minúscula, salvo en casos que requieran mayúscula por otras razones.